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L’École a une double mission : l'éducation à la santé des élèves et le suivi de leur santé. L’éducation à la santé est intégrée dans les programmes de l’école primaire et chaque collège et lycée définit un programme d’éducation à la santé et à la citoyenneté.
Le suivi de la santé des élèves est assuré tout au long de la scolarité et des bilans de santé sont organisés au sein des établissements. La mise en œuvre de la politique sociale et d'action sociale du ministère de l'Education nationale requiert le concours actif d'un service social des personnels qui se définit comme un service social spécialisé du travail en faveur de l'ensemble des personnels, qu'ils soient en activité, en congé ou à la retraite.

Le CLEMI soutient et promeut depuis trente ans l'expression lycéenne portée par les médias d'expression et d'information lycéens. Ces médias créés par les jeunes favorisent leur engagement au sein du lycée, de la communauté éducative et plus largement font d'eux des acteurs de la société. Ils permettent de stimuler l'engagement et de faire vivre la démocratie lycéenne. La création des Conseils de vie collégienne en 2016 a permis de développer la production de médias qui étaient jusque-là plutôt développés dans le cadre pédagogique.