Éric Dutil a débuté sa carrière à l’Éducation nationale, en 1995, comme attaché d’administration scolaire et universitaire, chef de la division vie scolaire et du service de l’affectation des élèves, à l’inspection académique des Landes (1995-1999). En 1999, il est lauréat du concours de conseiller d’administration scolaire et universitaire et effectue sa formation à l’école supérieure des personnels d’encadrement du ministére de l’Éducation nationale, devenue aujourd’hui l’IH2EF. Nommé au rectorat de l’académie de Bordeaux, il a en charge la direction des personnels enseignants (2000-2001), puis celle de l’organisation scolaire (2001-2004). Après dix années d’exercice en services académiques, il souhaite donner une nouvelle orientation à son parcours professionnel en intégrant le secteur de l’enseignement supérieur et de la recherche. Il occupera successivement les fonctions de directeur général des services (DGS) de l’université de Pau et des Pays de l’Adour (2004-2007), de l’université Bordeaux 1 sciences et technologies (2008-2013) et de l’université de Bordeaux (2014-2017), dont il fut l’un des artisans majeurs du processus de la fusion. Fin 2017, par décret du président de la République, il est nommé inspecteur général de l’Administration de l’Éducation Nationale et de la Recherche (IGAENR) de 1re classe, puis inspecteur général de l’Éducation, du Sport et de la Recherche (IGÉSR), en octobre 2019, suite à la réforme des corps d’inspection. Auditeur au cycle interministériel de management de l’État (CIME), il intègre en 2020 le vivier des futurs cadres dirigeants de l’État placé auprès du secrétaire général du gouvernement.

En parallèle, il s’engage comme administrateur de diverses structures en charge des systèmes d’information pour les établissements d’enseignement supérieur (association Cocktail de 2004 à 2010, agence de mutualisation des universités et établissements de 2014 à 2017). Il est également trésorier depuis 2012 du centre de culture scientifique, technique et industrielle Cap Sciences. La même année, il devient vice-président du groupement international des secrétaires généraux d’université, puis de 2014 à 2017, président du réseau national des directeurs généraux des services d’établissement d’enseignement supérieur. Il est co-fondateur, avec l’université Laval à Québec, du réseau international francophone de « dirigeants en gestion et gouvernance » (DG2) de 2014 à 2017. Depuis 2019, sur proposition de la ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, il est administrateur de l’Établissement Public d’Aménagement Universitaire de la Région Île-de-France (EPAURIF).

Il intervient également de manière régulière comme enseignant-formateur (Sciences Po Bordeaux de 2001 à 2004, institut d’administration des entreprises (IAE) Gustave Eiffel de 2018 à 2021) et membre de jurys de recrutement de concours de catégorie A (ingénieur d’études, ingénieur de recherche, etc.) ou de DGS d’université. Il a été nommé membre du jury de l’ENA en juillet 2021 (épreuve de gestion et management appliqués).

Éric Dutil est chevalier dans l’ordre national du mérite et officier dans l’ordre des palmes académiques.